Що краще зробити – УЗД чи МРТ – залежить від цілей діагностики. Зазвичай, первинну оцінку проводять за допомогою ультразвукового обстеження. А якщо його результати не допомагають у постановці остаточного діагнозу, то уточнюючим методом є МРТ.
При вивченні головного мозку вибір методу визначається передбачуваним захворюванням, але у більшості ситуацій МРТ вважається більш інформативним; Обстеження органів малого тазу у жінок найчастіше виконується ультразвуком.
Ультразвукове дослідження дає повне зображення внутрішнього органу у площині, не надаючи об'єктивної інформації про важкодоступні області. МР-сканування дозволяє зробити серію пошарових знімків зрізів, на яких можна виявити найдрібніші зміни та патологічні прояви.
В цілому, МРТ краще розрізняє м'які тканини. Кістки при цьому не можуть бути видно – Резонанс від кальцію відсутня і кісткова тканина на МР-томограмах видно лише опосередковано.