Важливе значення у кругообігу речовин мають бактерії гниття. Вони живляться залишками рослин і тварин, очищаючи землю і перетворюючи відмерлі частини живих організмів на перегній (важливу частину ґрунту). У ґрунті живуть також бактерії бродіння. Ця група бактерій розкладає перегній до мінеральних речовин, необхідних рослин.
Це бактероїди, пептококи, пептострептококи, актиноміцети, мікрококи.
Гнильні бактерії. Гнильні бактерії викликають розпад білків, що може призвести до виникнення різних вад харчових продуктів. До гнильним бактеріям відносять аеробні спороутворювальні та неспороутворюючі палички, спороутворюючі анаероби, факультативно-анаеробні неспоротворні палички.