«Євангеліон» розповідає про світ, який пережив «два удари». В результаті океани виявилися забрудненими, людство загрузло у війнах і оговталося абияк. На Землю час від часу тепер прилітають Ангели, сюрреалістичні істоти, які прагнуть дістатися першого Ангела, якого тримають під замком.
Серійні Євангеліони розпинають Єву-01, керовану Сіндзі, за допомогою своїх копій Спис Лонгінія; потім вони збираються навколо Єви-01 і істоти, породженої Рей та Ліліт. Рей-Ліліт ставить Сіндзі перед вибором, і Сіндзі, втративши все, що йому було дорого, вирішує вбити життя на Землі.
В кінці Євангеліона” Сіндзі не перемагає депресію, а навпаки, вибирає бути розчавленим нею. Він жалюгідний, марний апатичний шматок колишнього себе, який, на жаль, потрібний усім для порятунку. Це практично повна протилежність до того, що з ним відбувалося у фіналі серіалу.